重点实验室主要针对重金属污染控制及其生态修复技术、岩溶石山区水质保障理论及技术、环境污染物生化分析理论与技术、水污染控制工程材料及技术等4个重点方向展开基础科学和应用基础科学问题研究。
1）重金属污染控制及其生态修复技术
   结合广西本土的地理气候条件，以土壤（污泥）－水－植物系统为主线，开展有色金属矿山的重金属污染生态修复、环境污染大数据调查和评价、矿山污染治理及农田土壤适耕性修复研究，开发基于土壤和尾矿重金属污染物的化学和毒理评估方法，探索基于岩溶区地质条件下有害元素的环境行为和环境效应，并开展有针对性的稳定与钝化方法应用研究。
2）岩溶石山区水质保障理论及技术
   以岩溶湿地水质保障为目标，开展氮磷等营养物质和微量有毒有害化学污染物在人工生态化处理体系中的迁移分布规律、去除影响机制以及代谢调控方法研究。基于动力学理论基础开展常见矿物在岩溶水环境中的稳定-溶解作用及其对重金属迁移转化的影响研究、矿物固溶体的溶解作用、岩溶区重金属迁移转化规律、岩溶地下河系统水文过程和水资源变化、地表地下水资源开发的地质环境安全和环境经济综合评价以及岩溶区有色金属矿产开采利用过程中污染环境的治理与保护等研究。
3）环境污染物生化分析理论与技术
   立足于环境分析中化学与生物传感器研制、环境污染物的适配体分析、共振瑞利散射光谱分析和表面增强共振拉曼散射光谱分析等的理论与技术研究，重点开发高灵敏、高选择性、简易快速以及多组分同时测定的环境分析新方法和新型传感器技术，为环境实际样品分析以及监测提供可靠的检测手段。
4）水污染控制工程材料及技术
   针对广西经济建设中遇到的亟需解决的行业废水污染治理问题，开展适宜的物理化学技术、生物处理技术以及环境功能材料制备应用等体系研究与示范，重点开展高浓度难降解有机工业废水处理技术研发与集成，高效低耗城市污水生物处理及脱氮除磷新技术研发，行业高硫高氮废水生物处理技术与设备研发；配套起草、审定和规划区域水环境保护、重点行业污水治理与面源水质保障技术方面的地方标准体系。